وقلّ أتباع الحنفيّة. عندما جاء الأتراك الأحناف سنة 981هـ/1574م بقيادة سنان باشا الذّي دخل تونس لتخليصها من الإسبان بقي عدد من الجيش التّركي بتونس لحفظ الأمن وحراسة البلاد. وبذلك تكوّنت جماعة حنفيّة تحتاج إلى من يقوم بأمورها الشّرعيّة وفقا لمذهب أبي حنيفة. وبالفعل كانت السّلطة المركزيّة بإستانبول ترسل فقهاء أحنافا للقيام بتلك المهمّة. ومنذ ذلك العصر صار القضاء الرّسمي حنفيّا. وأصبح منذ العهد المرادي القاضي المالكي نائبا لزميله الحنفي. وتتوقّف أحكامه على مصادقة القاضي الحنفي، كما أدخل تحوير على نظام الافتاء، وأصبح له صبغة رسميّة، وصار المفتون يحضرون بمجلس الحكم وينتصبون للافتاء بالمحكمة. وكانوا إلى ذلك التّاريخ لا يباشرون مهامّهم بالمحكمة، وإنّما ينتصبون بالمساجد لافتاء المسترشدين.
وأوّل قاضٍ حنفيّ أرسل إلى تونس هو أحمد أفندي. وذلك في أوّل المائة الحادية عشرة زمن عثمان داي. وعنه أخذ جماعة من أهل تونس منهم محمد الغمّاد (1704م) وأبو يحيى الرصّاع (1624م) والشّيخ محمد براو الذّي عاصر يوسف داي. وهذه الطّبقة هي التّي ركّزت المذهب الحنفي ثانية بالبلاد التّونسيّة، بعد أن كان ركّزه أسد بن الفرات زمن ظهور المدرسة الحنفيّة بالعراق. أما أوّل قاض حنفيّ انتصب بتونس بعد الحضور العثمانيّ فهو حسين أفندي. وكان القاضي يباشر مهمّته لمدّة ثلاث سنوات، ثمّ يعوّض بقاض آخر جديد من الأتراك، إلى أن تولّى هذا المنصب محمد قارة خوجة المشهور ببرناز. وهو من أبناء تونس، وأبوه من رجال الفتح العثمانيّ. فكان أوّل قاض حنفيّ تونسيّ اسٌتغني به عن تعيين قاض من التّرك.
ونظرا إلى معضلة اللّغة اضطرّ الأتراك إلى إجراء تحوير بخطّة الافتاء، فكان إذا أشكل الأمر على القاضي التّركي التجأ إلى المفتي لارشاده فيما أشكل عليه. هذا في الميدان القضائي. أما في الميدان العلمي فقد أسّس بايات تونس مراكز تدريس المذهب الحنفي. ومن أحناف تونس: يوسف برتقيز الذّي شرح مختصر القدوري الحنفي، قال حسين خوجة: «هذا الشّرح هو أوّل ثمار المجهودات التّي بذلها الأتراك لنشر المذهب الحنفي...وكأنّ برتقيز شعر أنّ الكتب المرجّحة للأقوال في المذهب المالكي قد تكاثرت بتونس، فآثر أن يسدّ النّقص الذّي يشكوه المذهب الحنفي في هذا المجال» (ذيل بشائر أهل الايمان بفتوحات آل عثمان، ص 55). ونظرا إلى كون القضاة الأتراك يجهلون اللّغة العربيّة وعادات أهلها، طلب علي باشا الأوّل سنة (1157هـ/1744م) تسمية القضاة من البلاد التّونسيّة. ففوّض له الباب العالي أمر اختيار القاضي من علماء الحنفيّة بتونس. فكان أوّل قاض حنفيّ تونسيّ اختاره علي باي، الشّيخ أحمد الطّرودي. وبتخلّص القضاء التّونسي من الهيمنة العثمانيّة، استرجع القضاء المالكي مكانته قياسا بالقضاء الحنفي بإحداث مجلسين شرعيّين. ورغم ذلك بقي القضاة الحنفيّة يتمتّعون بعدّة امتيازات ماديّة وأدبيّة دون القضاة المالكيّة، منها حقّ الأولويّة في الاستقبالات الرّسميّة. ولم تخف وطأة هذه الامتيازات منذ عهد أحمد باي الأوّل.
وكانت خطّة شيخ الاسلام خاصّة بعلماء الحنفيّة. أمّا المجلس الشّرعي المالكي، فإنّ رئيس أهل الشّورى هو الذّي يمثّله ولم يلقّب رئيس الفتوى المالكي بلقب شيخ الاسلام إلاّ سنة 1351هـ/1932م. وأوّل من أسند إليه هذا اللّقب هو الشّيخ محمد الطّاهر ابن عاشور. ومن العائلات العلميّة الحنفيّة بتونس عائلات خوجة وابن خوجة وبلقاضي وبوشناق وبيرم وبرناز ولصرم والبارودي والتّرجمان وابن مراد وكرّيم وابن محمود. وكان أوّل مفت على المذهب الحنفيّ بعد الظّهور العثمانيّ الشّيخ رمضان أفندي وأوّل من لقّب بشيخ الاسلام الحنفيّ هو علي الصّوفي بعد عودته من مهمّة رسميّة بالأستانة. ومن أبرز العائلات الحنفيّة التّي هيمنت على المناصب الشّرعيّة مدّة طويلة عائلة بيرم بداية من محمد بيرم الأوّل (1219هـ/1800م) إلى شيخ الاسلام أحمد بيرم ثمّ خلفتهم عائلة ابن خوجة. وآخر من تولّى خطّة شيخ الاسلام الحنفي هو محمد عبّاس. وذلك إلى أن استقلت البلاد وألغيت المحاكم الشّرعيّة سنة 1375هـ/1956م. وبقي المذهب الحنفيّ موجودا بالبلاد التّونسيّة حتّى بعد استقلال البلاد. ولقد تقلّد الشّيخ محمد الهادي بن القاضي الحنفّي (ت1979م) خطّة مفتي الجمهوريّة التّونسيّة. ورغم قلّة أتباعه بتونس فإنّ هذا المذهب يعدّ من أوسع المذاهب الفقهيّة انتشارا في العالم الاسلامي وخصوصا في الشّرقين الأوسط والأقصى.