خصوصا المجازر بحق الناشطين الشيوعيين في الستينات وخطف طلاب في أواخر التسعينات.
قُتل نصف مليون من الشيوعيين والمناصرين في 1965 و1966 في مجازر مخطط لها مع وصول الدكتاتور سوهارتو الى السلطة، وهو من أشد المعارضين للشيوعية.
أدت عمليات القتل إلى القضاء على الحزب الشيوعي الإندونيسي المحظور اليوم، والذي كان آنذاك أحد أهم الأحزاب الشيوعية في العالم بعد الصين والاتحاد السوفياتي.
وقال الرئيس ويدودو في كلمة ألقاها من القصر الرئاسي في جاكرتا "بذهن صافٍ وقلب صادق كقائد لهذا البلد أعترف بأن انتهاكات جسيمة لحقوق الإنسان قد ارتكبت مرارا وأنا آسف جدا لذلك"، معربا عن "تعاطفه مع الضحايا وعائلاتهم".
وقال جوكو ويدودو إن الحكومة تسعى "لتعويض" الضحايا "بطريقة عادلة ومنصفة دون توفير جهد للتوصل إلى حل قضائي".
كما ذكر الرئيس مقتل وخطف عشرات الطلاب والنشطاء في عامي 1997 و1998، والاحتجاجات الجماهرية التي أدت إلى رحيل سوهارتو بعد ثلاثة عقود في السلطة.