بـدءا مـن النقائـص في تنظيـم الهيـاكل العموميـة و غيـاب الأدوات التنظيميـة الضرورية لعملهـا وعـدم تطوير الأنظمـة المعلوماتية المعتمدة وتحقيـق الإندماج بينهـا، إلى غايـة عـدم إحـكام التـصرف في الموارد البشرية وفي الممتلكات، مـرورا بأخطـاء التـصرف المرتكبة في المجالين المالي والمحاسبي وعـلى مسـتوى إنجـاز الشراءات العموميـة ومتابعـة تنفيذهـا ، وذلـك عـلاوة علـى النقائـص المسجلة عـلى مسـتوى الأنشطة الفنيـة للهيـاكل المعنية بالمراقبة.
في تقريرها السنوى عدد 27 افادت الهيئة العليا للرقابة الادارية والمالية انها قامت بمراسـلة الجهـات الحكوميـة المعنيـة مـن أجـل تحسيسـها بالعوائـق والعراقيـل التـي تواجههـا بعـض الهياكل في مباشرة نشاطها والتي تهدد أحيانا وبصفة جدية توازناتهـا المالية أو حتـى دميومتهـا .
وقد شمل التقرير مختلف الاخلالات التى تم رصدها ومدى استاجبة الهياكل المعنية مع ملاحظات الهيئة وبينت انه على مسـتوى منظومـة التصرف العمومي بصفة عامـة، هناك تراجـع مـا إنفـك يشـهده أداء العديد مـن الهيـاكل العموميـة سـواء علـى مسـتوى احتـرام النصـوص والتراتيب الجاري بها العمل أو علـى مسـتوى إنجـاز الخدمـات وتأمين المرافق العمومية. واعتبرت الهيئة أنّ مواصلة رصد مثــل هــذه الإخلالات وتكرارها بالتقارير الرقابية ليست فقط مسألة ظرفية بل أصبحت مسألة هيكلية تسـتوجب الوقـوف عندهـا ومعالجتهـا بصفـة جذرية وأفقيـة مـن خـلال معالجـة الأسباب الحقيقيـة لحدوثهـا وإعـادة النظـر في بعـض الأطر والآليات التشريعية والترتيبية.
وأشارت الهيئة الى ان هذا التراجع على مستوى منظومة التصرف العمومي يعود الى تراجع عدد الإطارات ذات الكفـاءة والتجربة في التسيير والتـصرف بسبب ارتفـاع عـدد الإحالات على التقاعـد وعـدد الإطارات المغادرين في إطـار التعـاون الفنـي وعـدم قـدرة الإدارة عـلــى تعويضهـم، وبسبب ايضا غلق باب الانتدابات وفقا لتوجهات الحكومة، والاعتماد على عقود اسداء خدمات..
وقد سـاعدت أعمال المتابعـة التي أنجزتها الهيئـة على إصـلاح 2896 إخلال أي بنسـبة إصـلاح إجمالية بلغـت 62 بالمائة. وشـملت أعمـال المتابعـة 96 هيكـلا عموميا بـين مصالح إداريـة مركزيـة (رئاسـة الجمهوريـة، وزارة الشـؤون الخارجيـة، وزارة التعليـم العـالي…)، ومصالح إدارية جهوية ومؤسسات ومنشآت عمومية.
وتتمثل النقائـص والإخلالات التـي رصدتها التقاريـر الرقابيـة وأعمـال المتابعة في مجالات التـصرف العمومي في أنظمة المعلومات، والتصرف المالي والمحاسبي ، التصرف في السيارات الإدارية والممتلكات والعقارات والمساكن الإدارية ، التصرف في الموارد البشرية والتاجير ومختلف المنح والمنافع التي يتمتع بها الأعوان، التصرف في الشراءات والصفقات العمومية ، التصرف في اللزمات، واستخلاص الديون والمستحقات ومتابعة إسناد الامتيازات.
فضلا عن عدم إعـداد القوائـم الماليـة بالنسـبة لبعض المؤسسـات أو المنشـآت العموميـة أو التأخير في المصادقة عـلى هـذه القوائـم في الآجال القانونية بفترات تجاوزت أحيانا عديد السنوات بالنسبة للبعض منها. بالإضافة إلى غيـاب أدلـة إجرائيـة محاسـبية وعـدم توفـر الوثائـق المحاسبية المثبتة للنفقـات ونقائص عـلى مسـتوى مسـك الدفاتـر المحاسـبية ودفاتـر الخزينـة والجمـع بـن مهـام متنافرة صلـب الإدارة المالية والمحاسبية والتأخـر في إعـداد جـداول المقاربات البنكيـة وضعـف التنسـيق بيـن الإدارة المالية وإدارة الشـؤون القانونيـة بخصـوص متابعـة خلاص المستحقات.