.وقد شهد المعلم الفاطمي منذ إنشائه عمليات إضافة وتوسعة متتابعة وصولا إلى أواخر القرن الثامن عشر (1211هـ/1794م) حيث تمّ تجديد بيت الصلاة بطريقة جعلتها تفقد هيئتها الأصلية، وقع تخصيص هذا الجامع في الفترة العثمانية للمذهب المالكي.
يرسم المعلم هيئة مستطيل يمتدّ بين القبلة والجوف يمكن تقسيمه إلى وحدتين رئيسيتين:
- بيت الصّلاة: تحتلّ القسم القبلي وتمتد على مساحة مستطيلة بين الشرق والغرب تحدّها أروقة جانبية ويتقدمها رواق البهو.
- صحن مركزي يتقدم بيت الصلاة يرسم هيئة مستطيل يمتد بين الشرق والغرب تساير ضلعه الشرقي، الغربي والجوفي أروقة طولية.
- الواجهة الجوفية الخارجية: واجهة معلمية تمتد بين الشرق والغرب ترتفع بأطرافها خزانات مياه.
هذا وقد مر تخطيط المسجد الجامع الفاطمي بثلاث مراحل على الأقل ارتبطت آخرها بالتوسعة التي شهدها المعلم مع نهاية القرن الثامن عشر في فترة حكم يوسف صاحب الطابع، وقد تميز تخطيطه انطلاقا من تلك الفترة بوجود بيت صلاة طولية الشكل تمتد على تسع بلاطات طولية وسبع بلاطات عرضية وهي محاطة من ناحيتي الشرق والغرب بمجنّبتين ويتقدّم ضلعها الجوفي صحن أمامي، وهو ما جعل هذا التخطيط يستجيب بشكل كامل للملامح الكبرى لعمارة المساجد العثمانية. على مستوى عناصر الارتكاز أقيمت بيت الصلاة على
توازي مجموعة من البوائك التي ترتكز على عدد من الأساطين أعلبها مجلوب من العمائر العتيقة، وبالتوازي مع ذلك وجدت أساطين متجانسة من الرخام الأبيض وهي تمتدّ على الأرجح في المواضع التي تمّت إضافتها إلى بيت الصلاة خلال أعمال التوسعة الأخيرة.