توظيف السلطة السياسية ممثلة في رئيس الدولة قيس سعيّد للقضاء وللأجهزة الأمنية لاستهداف المعارضين وآخرهم إيقاف أمين عام الحزب الجمهوري عصام الشابي والناشطة السياسية شيماء عيسى، في إطار ما يُسمّى ملف التآمر على الأمن الداخلي، الذي أثبتت أوراقه حجم خوائه وتهافته، وبأنه مجرّد شمّاعة ليس فقط غايتها إسكات المعارضين السياسيين والحقوقيين، بل بالخصوص إشاعة مناخ من الخوف في المجال العام بما يضرب في الصميم الحريات السياسية والمدنية".
واعتبرت أن "إثارة تحقيق قضائي ضد نقيب الصحفيين محمد ياسين الجلاصي وعدد من الحقوقيين على خلفية تظاهرة معارضة لاستفتاء 25 جويلية، هو دليل إضافي على إمعان السلطة السياسية في استهداف الحريات العامة"، ودعت جميع الصحفيين والصحفيات للذود عن مبادئ مهنتهم والتصدي للمحاولات الممنهجة لتركيع الإعلام من سلطة لا تريد أن تسمع إلا نفسها وفق نص البيان.
هذا وقد عبرت الهيئة عن "انشغالها من التعاطي غير الشفاف للأجهزة القضائية والأمنية مع القاضي البشير العكرمي عبر إيوائه وجوبيًا في مستشفى الأمراض النفسية والعصبية بعد إخلاء سبيله، ثم منع عائلته والهيئة الوطنية للوقاية من التعذيب من التواصل معه، في خرق للقانون. وذلك قبل السماح بذلك، ولاحقًا تأكيد تعرّضه لمعاملة غير إنسانية من الفرقة الأمنية المتعهدة"، مشيرة الى ان "هذه الممارسات تكشف عن غايات مشبوهة هدفها التشفي والتنكيل في غياب لضمانات المحاكمة العادلة".