وهو يهدف إلى المساهمة في تعويض الأضرار التي تلحق بالمنخرطين من فلاحين أو بحارة جراء الجوائح الطبيعية التي يشملها مجال تدخل الصندوق. ويتمثل التعويض في استرجاع جزء من قيمة المنتوج أو نفقات الإنتاج التي تحملها المصرّح المنخرط من جراء جائحة منذ بداية المواسم الفلاحية أو دورات الإنتاج إلى حين حصول الضرر المصرّح به. ويمكّن هذا الصندوق إجمالًا من تعويض الفلاحين بما قدره 60% على أقصى حدّ من قيمة المنتوج أو من كلفة الانتاج.
ويتوزع تمويل الصندوق بين مساهمة سنوية من الدولة بقيمة 30 مليون دينار ومساهمة الفلاحين بـ 2.5 في المائة من قيمة المنتوج أو من كلفة الإنتاج إضافة الى معلوم تضامني يقدّر بـ 1 في المائة على بعض المنتجات الفلاحية مثل الحبوب عن طريق ديوان الحبوب والخضر والغلال عن طريق السوق المركزية والزيتون عن طريق ديوان الزيت.
ويغطي هذا الصندوق التعويضي 6 جوائح هي الجليدة، والجفاف، والعواصف، والرياح، والثلوج والفيضانات فيما تبقى عمومًا نوعية الجوائح التي يمكن إضافتها من مشمولات اللجنة الوطنية للجوائح الطبيعية.