عدة سجون وتهريب سجناء إبان ثورة» 25 جانفي» التي أطاحت بالرئيس الأسبق حسني مبارك عام 2011، أمام دائرة قضائية أخرى.
وخرج مرسي والآخرون من سجن وادي النطرون (الواقع إلى الشمال الغربي من القاهرة) في اليوم التالي لاعتقاله بعد اقتحام السجن. كما اقتحمت سجون أخرى، مما أدى إلى هروب آلاف المحتجزين، وبينهم أعضاء في حماس وحزب الله. وكانت محكمة للجنايات أصدرت حكمها على مرسي، وخمسة آخرين من قيادات جماعة الإخوان، بينهم المرشد العام للجماعة محمد بديع، في القضية يوم 16 جويلية 2015.