من بين هذه القضايا ملف اغتيال الشهيد شكري بلعيد الذي تم استهدافه بتاريخ 6 فيفري 2012 ليكون بذلك أول اغتيال سياسي بعد ثورة 14 جانفي ، منذ ذلك التاريخ والملف منشور لدى القضاء في البداية تعهدت به المحكمة الابتدائية بتونس وتحديدا قاضي التحقيق بالمكتب 13 وبعد تركيز القطب القضائي لمكافحة الإرهاب تمت نقلة جميع الملفات ذات الصبغة الإرهابية إليه. هذا الملف عرف العديد من التطورات والإشكاليات خاصة بين هيئة الدفاع والقاضي المتعهد حيث عبر المحامون عن رفضهم له في أكثر من مناسبة ومطالبتهم بتغييره لأنه لم يقم بمهامه على أكمل وجه وذلك من خلال عدم تنفيذ أحكام تحضيرية تقدموا بها من شأنها أن تفيد في القضية على حد تعبيرهم ، مطلب التغيير قوبل بالرفض خاصة بعد إحالة ملف القاضي المذكور على التفقدية العامة بوزارة العدل ولم تجد سببا مقنعا لذلك.
وللتذكير فإن النيابة العمومية قد فتحت بحثا تحقيقيا ضد علي كلثوم احد عناصر هيئة الدفاع في قضية الحال وذلك على خلفية اتهامه للقاضي المتعهد بالتواطؤ والقضية لا تزال جارية.
من جهة أخرى فقد تم تفكيك الملف إلى جزأين حيث قرر قاضي التحقيق بالمكتب 13 ختم الأبحاث في جزء من القضية وإحالته على الدائرة الجنائية الخامسة بالمحكمة الابتدائية بتونس باعتبارها المختصة في قضايا الإرهاب في حين بقيت الأبحاث جارية في الجزء الثاني من الملف. الجزء المحال على الدائرة الجنائية يتعلق بــ26 متهما كانت أولى جلسات محاكمتهم علنية بتاريخ 30 جوان 2015 وذلك ببهو ابتدائية تونس وهي عملية فريدة من نوعها لاقت ردود أفعال مختلفة بين المرحب والرافض لها خاصة محاميي المتهمين الذين اعتبروا ظروف العمل غير لائقة علما وأن عددا من المتهمين رفضوا الحضور بالرغم من تواجدهم في غرفة الإيقاف بالمحكمة.
قضية تم تأجيلها في أكثر من مناسبة آخرها في جلسة 17 جوان المنقضي اذ حدد موعد 28 أكتوبر المقبل للنظر فيها وذلك استجابة لطلب هيئة الدفاع خاصة وأن هناك قضية منشورة بخصوص قاضي التحقيق. فمع عودة القضية إلى الساحة يبدو أن النار ستفتح من جديد بين الطرفين ،هيئة الدفاع المتشبثة برفضها للقاضي المتعهد ورغبتها الملحة في تغييره وقاض لم تر التفقدية العامة بوزارة العدل في عهد محمد صالح بن عيسى وعمر منصور موجبا لتغييره.