علمه ودقة فقهه ومثابرته طيلة حياته على نشر العلم والتفرغ لذلك، فقد كان صدر مجالس العلم والذكر في جوامع مدينة تونس الزيتونة والمغارة والمقام الشاذلي حيث كان يرأس أختام كتاب «الشفا» الذي كان يدرسه على مدار السنة ويعلم من خلاله مختلف الأجيال والفئات سيرة وسنة رسول الله كما بسط فيها القول وأجاد وأفاد القاضي عياض. لقد وثّق الشيخ محمد الزغواني صلة التونسيين برسول الله وركز في قلوبهم حبه وإتباع سنته ، وعرفهم بقيمة وأهمية كتاب «الشفا» حتى أصبحت لا تكاد تجد بيتا في تونس يخلو من كتاب «الشفا» للقاضي عياض..
من آثاره كتاب يحمل عنوان «الدرر المنتثرة في تفسير آيات القرآن الكريم» وهو مجموعة مقالات في التفسير.... فقد برع الشيخ محمد الزغواني في التفسير وبسط معاني كتاب الله العزيز وقربه من الناس بكل فئاتهم. إن درسه يجد فيه الجميع مبتغاهم ومرادهم.. يجد فيه العالم التدقيق والتحقيق ويجد فيه عامة الناس ما يناسب مستوياتهم ..كما يجد فيه الأئمة والوعاظ والشيوخ والدارسون إضافة وتحقيقا وتدقيقا.. لقد فسر الشيخ محمد الزغواني سورة الفاتحة وجعل لتفسيرها عنوانا هو (الشذرات السانحة في تفسير سورة الفاتحة) وقدم لتفسيره بتمهيد لطيف جامع لفوائد منها التعريف بالقرآن إجمالا ومعنى الاستعاذة وحكمها وصيغها ومباحث البسملة وفضائل القرآن والترغيب فيه وفي كل هذه الفوائد يأتي الشيخ بما يشفي الغليل وبما هو ضروري وما ينبغي العلم به.
ويستدل على كل ما يأتي به بصحيح الأحاديث ويمضي مبينا سبب النزول ويبسط في ذلك القول ثم يتولى التفسير للآيات بالكلمة ..
ونجد في هذا الكتاب تفسيرا لآيات من سورة البقرة اتخذ له عنوانا (الدرر المنتثرة في تفسير سورة البقرة)
إن كتاب الدرر المنتثرة في تفسير آيات من القرآن الكريم لفضيلة الشيخ محمد الزغواني يعد إضافة لمكتبة التفسير التونسية ...